Bu sistemin görevi vücudu dışarıdan gelen istilacı güçlere karşı korumaktır. Bu istilacı güçler bakteri, virüsler, parazit veya mantar gibi hastalık etkenleri olabilir. Bu sistemin parçaları arasında organlar, hücreler ve proteinler yer alır. Bağışıklık sistemin sağlıklı çalışmakta ise vücuda giren bu etkenler vücutta etkisiz hale getirilir veya vücuttan uzaklaştırılır, sonucunda hastalık gelişmez. Bu görevi yapanlar organlar, hücreler ve bazı özellikli proteinlerdir. Bu parçalar bir orkestra gibi uyumlu çalışır, herhangi bir enstrüman çatlak ses çıkarmaz.
Peki bağışıklık sistemi savaşacağı maddeleri nasıl tanır. Her yabancı cisim vücutta bir reaksiyon uyandırmaz mı? Şimdi en azından şunun için kafanı yormanı rica edeceğim. Gebe kalan bir kadın için bebeğin tüm hücreleri yabancıdır aslında. Çünkü babadan gelen genlerle oluşturulmuş bir hücre yumağı ile karşı karşıyadır. Ama anne vücudu bebeği reddetmez? Doğru anne vücudu bebeği reddetmez çünkü adeta bebeğin hücrelerine karşı kör olurlar ve bağışıklık sistemi bu yabancı gövdeye karşı savaşa girmez. Bir yapının, bakterinin, virüsün vücuda yabancı olup olmadığını ve tehdit oluşturup oluşturmadığını anlamak da bağışıklık sisteminin görevidir. Bu hücrelerin üzerinde proteinden oluşan “antijen” adını verdiğimiz yapılar vardır. Bu antijenler adeta kimlik kağıtları gibidir. Vücuttaki bağışıklık hücreleri bu antijenlere bağlandıkları zaman antijen taşıyan maddenin vücut tarafından tanınıp tanınmadığına karar verirler önce. Antijen tanıdık değilse ve bir tehdit oluşturuyorsa bu maddeye karşı savaş verilmesi gerekir ve hüvreler birbirini uyarır oldukça kompleks bağışıklık sistemi devreye girer.
Bu savaş iki cephe üzerinden gerçekleşir. Birinci cephe hepimizde doğuştan varolan genel savunma mekanizmasıdır. Daha fazla hücreler üzerinden çalışır. Hücreler bir bakteri bulaşması olduğunda bu bakteriyi yok etmek için hemen savaş pozisyonlarını alır ve bakteriyi ortadan kaldırılar. İkinci cephe ise zamanla “öğrenilen” cephedir. Daha önce bir etken ile vücudun zaten karşılaşmıştır ve ona karşı etkin olan “antikor” dediğimiz koruyucu maddeleri hazırlamıştır veya nasıl sentez edeceğini öğrenmiştir. Sürekli farklı hastalık etkenleri ile karşılaşarak bu bilgi bankasını geliştirmiştir ve o etkenle karşılaştığında hızla cevap verme yeteneğini kazanmıştır. Bağışıklık sistemi çalışmaya başladığı zaman iki cephede savaşmaya başlar. Ayrı ayrı sürmez bu çarpışma ve birbirini destekler.
Bazı hastalıklar bağışıklık sistemindeki bir aksamadan dolayı gelişir. Örneğin romatizmal hastalıklar. Romatizmal hastalıklarda, bağışıklık sistemi kendi hücresinin üzerindeki antijeni tanımaz hale gelir ve onu yabancı bir hücre zanneder. Bunun sonucunda da o hücrelere karşı doğumsal ve edinilmiş bağışıklık sistemini aktive eder ve kendi hücrelerin yok etme savaına girer. Sonucunda da vücut kendini koruyayım derken yine kendine zarar vermeye başlar.